Được biết vào thời điểm trên, đoàn tàu mang kí hiệu TN3 hành trình hướng Hà Nội –TP Hồ Chí Minh đang trên đường chạy qua KM 298 + 320 đường ngang dân sinh thuôc địa bàn xã Nghi Yên thì va phải ô tô tải BKS 37C 00401 đang cố tình vượt qua đường ngang.
Hậu quả ô tô tải bắn ra khỏi đường sắt, lái xe (chưa rõ danh tính) bị thương nặng được nhân dân đưa đi cấp cứu kịp thời .
Vụ tai nạn cũng đã làm đầu máy 924 của tàu TN3 hư hỏng nặng không thể tiếp tục hành trình khiến ngành đường sắt phải cắt máy của tàu thống nhất SE5 tạm thời đến khắc phục.
Gần một tiếng đồng hồ sau, ùn tắc giao thông trên tuyến đường sắt thống nhất mới được khôi phục. Tai nạn đã làm một loạt tàu thống nhất SE5, TN2, TN3, và tàu du lịch NA2 chậm hành trình nhiều so với thời gian quy định.
Nguyên nhân được xác định là do tài xế xe ô tô tải cố tình vượt qua đường ngang dân sinh thiếu quan sát.